Órgão do governo vinculado ao Ministério da Educação (MEC), criado pela Lei 9.131 de 24 de dezembro de 1995, no governo Itamar Franco, em substituição ao Conselho Federal de Educação. Este foi extinto pelo ex-ministro Murílio Hingel por causa das denúncias de que havia tráfico de influência e de que o órgão era suscetível ao lobby das escolas privadas.

O novo CNE só foi instalado em fevereiro de 1996 pelo ministro Paulo Renato Souza que afirmou buscar um órgão menos credenciador e mais avaliador, menos decisório e mais assessor e, finalmente, mais representativo do conjunto da sociedade e não apenas das corporações do segmento da educação. Uma das inovações do novo CNE foi o credenciamento periódico das instituições de ensino superior, de acordo com avaliações de qualidade do ensino – o Provão, por exemplo. O órgão é composto de duas câmaras, uma de Educação Básica e outra de Educação Superior.

O CNE é considerado o órgão normativo e de coordenação superior do Sistema Nacional de Educação, dispondo de autonomia administrativa e financeira para se articular com o poder legislativo e o executivo, com a comunidade educacional e a sociedade civil organizada. O órgão coordena a política nacional de educação, articulando-a com as políticas públicas de outras áreas.

Também cabe ao CNE garantir a execução das diretrizes, prioridades e metas do Plano Nacional de Educação, interpretar a legislação de Diretrizes e Bases da Educação Nacional, opinar sobre alterações de iniciativa do poder executivo e estabelecer normas para os sistemas de ensino, articulando-os com os órgãos normativos dos sistemas de educação e com as comissões de educação do Congresso Nacional. Deve, ainda, estimular a integração entre as redes de educação federal, estaduais e municipais, públicas e privadas.