Refere-se à escola vinculada ou pertencente a igrejas ou confissões religiosas. A escola confessional baseia os seus princípios, objetivos e forma de atuação numa religião, diferenciando-se, portanto, das escolas laicas. Para esse tipo de escola o desenvolvimento dos sentimentos religioso e moral nos alunos é o objetivo primeiro do trabalho educacional. Dessa forma, se a escola leiga constrói sua proposta baseada apenas em correntes pedagógicas, a confessional procura ter um embasamento filosófico-teológico.

As escolas confessionais ficaram caracterizadas no passado por atuar com uma educação programática. Ou seja, o importante era que o professor passasse todo o programa da disciplina e se o aluno, que ouvia calado, não aprendesse, era porque não se esforçava o suficiente. Atualmente, muitas escolas confessionais separam o conteúdo laico do religioso, colocando, por exemplo, o ensino religioso como uma disciplina da grade curricular.