Programa criado em 1993 pelo governo federal, tendo por finalidade facilitar o acesso e a permanência das crianças da área rural ao ensino fundamental público. Para tanto, têm sido transferidos recursos financeiros aos municípios para a aquisição de veículos automotores (terrestres ou fluviais) destinados ao transporte de escolares. O programa apóia a aquisição, para o ensino fundamental, de ônibus, microônibus, peruas e/ou embarcação.

O PNTE, gerenciado pelo Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE), teve a sua linha de atuação redefinida em 1995, uma vez que todos os recursos a ele alocados foram destinados aos municípios selecionados pelo Programa Comunidade Solidária. Em 1998, o PNTE amplia sua abrangência para além dos municípios já cadastrados junto ao Comunidade Solidária, ao incorporar as localidades que implementam ações vinculadas ao Programa Toda Criança na Escola.

De acordo com a Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional (LDB), de 1996, fica garantido, como dever do Estado com a educação escolar pública, o atendimento ao educando, no ensino fundamental público, por meio de programas suplementares de transporte. O PNTE situa-se nesse contexto.