Conforme instituída pela Lei de Diretrizes e Bases da Educação (LDB) de 1996, refere-se à construção da identidade institucional, constituída pela formação de capacidade organizacional da escola para elaborar o seu projeto educacional, ser capaz de gerenciar diretamente os recursos destinados ao desenvolvimento e manutenção do ensino, bem como a execução dos mesmos, mediante adoção da gestão compartilhada.

De acordo com o princípio de autonomia da escola, há o deslocamento do processo decisório do centro do sistema para os níveis executivos mais próximos aos usuários do sistema. Ou seja, há a descentralização do governo federal, na qual a União deixa de executar diretamente programas educacionais e estabelece e reforça suas relações com os estados e os municípios, chegando até o âmbito da unidade escolar. Da mesma forma, os sistemas estaduais adotariam política similar, ou seja, transferir recursos e responsabilidades com a oferta de serviços educacionais tanto para o município quanto diretamente para a escola. O município, como instância local, tanto pode ser o responsável pela execução destes serviços e programas, como pode delegar competência diretamente para a escola.

O princípio da autonomia da escola pretende responder aos requisitos da sociedade atual, caracterizados por atendimento rápido às demandas, de acordo com suas peculiaridades, com uso eficiente de recursos e demonstração de resultados, tornando-se pré-requisito para a organização do sistema educacional, segundo esse novo modelo.