Conjunto de 52 instituições criadas ou incorporadas e mantidas pela União, constituindo o Sistema de Instituições Federais de Ensino Superior e a Rede Pública de Ensino. As IFES desempenham papel central no desenvolvimentos científico e tecnológico do país, respondendo por cerca de 90% da produção científica brasileira e pela formação de profissionais nas mais diversas áreas do conhecimento. Entre as IFES estão universidades, instituições isoladas e centros de ensino tecnológico, conforme a seguir:
Universidades Federais
Região Norte: Fundação Universidade Federal do Acre (UFAC), Fundação Universidade Federal do Amapá (UNIFAP), Fundação Universidade Federal do Amazonas (FUA), Universidade Federal do Pará (UFPA), Fundação Universidade Federal de Rondônia (UNIR), Fundação Universidade Federal de Roraima (UFRR).
Região Nordeste: Universidade Federal de Alagoas (UFAL), Universidade Federal da Bahia (UFBA), Universidade Federal do Ceará (UFC), Fundação Universidade Federal do Maranhão (UFMA), Universidade Federal da Paraíba (UFPB), Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), Fundação Universidade Federal do Piauí (UFPI), Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN), Fundação Universidade Federal de Sergipe (UFS).
Região Centro-Oeste: Fundação Universidade de Brasília (UnB), Universidade Federal de Goiás (UFG), Fundação Universidade Federal de Mato Grosso (UFMT), Fundação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS).
Região Sudeste: Universidade Federal do Espirito Santo (UFES), Universidade Federal Fluminense (UFF), Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF), Universidade Federal de Lavras (UFLA), Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), Fundação Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP), Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ), Fundação Universidade Federal de São Carlos (UFSCar), Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), Fundação Universidade Federal de Uberlândia (UFU), Fundação Universidade Federal de Viçosa (UFV), Universidade do Rio de Janeiro (UNIRIO), Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ).
Região Sul: Fundação Universidade Federal do Rio Grande (FURG), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC), Universidade Federal do Paraná (UFPR), Fundação Universidade Federal de Pelotas (UFPEL), Universidade Federal de Santa Maria (UFSM).
Instituições Isoladas
Faculdade de Ciências Agrárias do Pará (FCAP), Escola Superior de Agricultura de Mossoró (ESAM), Escola de Farmácia e Odontologia de Alfenas (EFOA), Escola Federal de Engenharia de Itajubá (EFEI), Faculdade de Medicina do Triângulo Mineiro (FMTM), Faculdade Federal de Odontologia de Diamantina (FAFGOD), Fundação de Ensino Superior de São João Del Rei (FUNREI), Fundação Faculdade Federal de Ciências Médicas de Porto Alegre (FFCMPA).
Centros de Educação Tecnológica (que possuem cursos de nível superior)
Centro Federal de Educação Tecnológica da Bahia (CEFET-BA), Centro Federal de Educação Tecnológica do Maranhão (CEFET-MA), Centro Federal de Educação Tecnológica “Celso Suckow da Fonseca” (CEFET-RJ), Centro Federal de Educação Tecnológica de Minas Gerais (CEFET-MG), Centro Federal de Educação Tecnológica do Paraná (CEFET-PR).