Programa instituído em 1993 pelo Ministério da Educação (MEC) para que as universidades criassem sistemas internos de avaliação – com posterior checagem pelos técnicos do MEC – que pudessem auxiliar no processo de aperfeiçoamento da instituição. A idéia do PAIUB é servir a um processo contínuo de aperfeiçoamento do desempenho acadêmico e de prestação de contas da Universidade à sociedade, constituindo-se em uma ferramenta para o planejamento da gestão e do desenvolvimento da educação superior. Dessa forma, o PAIUB estabelece três fases centrais para o processo a ser desenvolvido em cada universidade: Avaliação Interna, Avaliação Externa e Reavaliação.

O PAIUB também caracteriza-se por possuir dotação financeira própria, livre adesão das universidades através da concorrência de projetos e princípios de avaliação coerentes, com posição livre e participativa. Este programa, segundo seu próprio texto, procura considerar “os diversos aspectos indissociáveis das múltiplas atividades-fim e das atividades-meio necessárias à sua realização, isto é, cada uma das dimensões-ensino, produção acadêmica, extensão e gestão em suas interações, interfaces e interdisciplinaridade”. Dessa forma, os princípios básicos que orientam o PAIUB são: globalidade, comparabilidade, respeito a identidade institucional, não premiação ou punição, adesão voluntária, legitimidade e continuidade.